„Gegenstand der Förderung des Zukunftsfonds sind regionale Innovationsprojekte, die durch aufeinander abgestimmte strukturbildende Maßnahmen, Aktivitäten und Initiativen den gesamten Innovationsprozess vorrangig in den Feldern Biotechnologie und Medizintechnik, optische Technologien, Energietechnik, Verkehrstechnologie und IuK-Techniken /Multimedia stimulieren.“

• Der Zukunftsfonds fördert ausschließlich Forschungs- und Entwicklungsprojekte. Er gewährt weder reine Investitions- noch Betriebsbeihilfen. Mittel des Fonds sind auch bei Gründungsvorhaben einsetzbar, allerdings nur zur (Teil-)Finanzierung von FuE-Kosten.
• Der Zukunftsfonds fördert in der Regel nur Verbundprojekte, die von mindestens je einem Partner aus der Wirtschaft und aus einer Forschungseinrichtung durchgeführt werden. Größere Konsortien werden gern gesehen.
• Der Zukunftsfonds fördert Projekte, die für die Entwicklung der Region einen Mehrwert haben, der über den Nutzen der einzelnen Geförderten hinausgeht. Deshalb bevorzugt er Projekte, die zur Umsetzung der Berliner Innovationsstrategie beitragen.
• Der Zukunftsfonds hat an Innovationen, die er fördert, den Anspruch, dass sie auf die Kommerzialisierung von Know-how der Berliner Wissenschaft zielen und auf neue Produkte, Verfahren oder Dienstleistungen, die den Stand der Technik deutlich überschreiten.